依据病原，牡蛎的常见疾病，大致可分为病毒病、细菌病、真菌病等。最常见和损害最大的病毒性疾病是牡蛎面盘病毒，该病首要产生在太平洋牡蛎中，每年的3~6月幼牡蛎丢失大于50%，涉及牡蛎体的边膜及卵的孵化，使逝世率增高。感染面盘病毒的牡蛎缺乏活力，内脏团缩入瓣膜内，牡蛎细菌病中最常见的致病因子是弧菌，感染弧菌的牡蛎产生全身性安排溃疡，饲养水体中见幼体缺乏活力，下沉以致逝世。光镜调查标明，病体内有很多上述细菌，反常的面盘、溃疡甚而崩解的安排。真菌病的病原为海洋动物离壶菌，显微镜可见患体内有此菌丝。特别稚贝染病后，即中止成长和活动。用中性红海水液也可区分出真菌和幼体，肉眼则可见死去的大都患病幼体。
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